快速开始¶
第一次使用？请先完成 安装，然后再回到这里。
你的第一次分析¶
Open your MCP client (Claude, OpenCode, Codex, etc.) and type:
Load /path/to/spatial_data.h5ad and show the tissue structure
剩下的交给 ChatSpatial。
你可以做什么¶
任务 |
这样说 |
|---|---|
加载数据 |
"从 /path/to/data 加载我的 Visium 数据" |
预处理 |
"对数据做归一化并聚类" |
识别空间区域 |
"用 SpaGCN 识别空间区域" |
细胞注释 |
"使用参考数据注释细胞类型" |
去卷积 |
"估计细胞类型比例" |
分析模式 |
"寻找空间变异基因" |
可视化 |
"在组织上展示 CD3D 的表达" |
示例数据¶
你可以用我们的数据集进行测试：
card_spatial.h5ad（7.7 MB）- 胰腺空间数据
card_reference_filtered.h5ad（36 MB）- 参考数据
成功示例¶
加载完成后：
Dataset loaded successfully
- ID: spatial_data_abc123
- 3000 spots, 18000 genes
- Platform: Visium
预处理完成后：
Preprocessing complete
- Filtered to 2800 spots, 2000 HVGs
- Computed 30 PCs, UMAP
- Found 8 clusters (Leiden)
可视化结果 会直接出现在聊天窗口中。
快速排查¶
问题 |
解决方法 |
|---|---|
工具未显示 |
Restart your MCP client |
"未找到数据集" |
使用绝对路径： |
分析失败 |
先运行预处理 |
更多内容：故障排查指南